博物馆的陈列大楼就建在当年首批葡萄牙人登岸的地方，在博物馆前地人们可静静地观赏河流以及供奉“娘妈”天后的道教庙宇，“娘妈”是渔民所信奉的保护神。这一带以往称为阿妈阁“A MA KAO”后来成为澳门名字的起源。博物馆就好像一艘独特的船，停泊在渔民聚居的内港的入口处，它洁白的外墙仿如一艘三桅船张开的帆，而它的玻璃窗则令人联想起一个又一个的了望台。昔日的一号码头已被列作博物馆的设施，并成为休闲场所，游客可在这偌大的广场浏览，观赏一下四周的风景，更可在水池玩摇控模型船。游客还可坐上模拟潜水器一探深海的奥秘，又或者登上一艘真正的帆船，在恬静的河上享受一次难忘的海港游。博物馆内充满着大海的气息：售票处之下摆放着一缸色彩斑烂的金鱼，墙上一幅巨型瓷砖画是以人手绘制，刻划着各种罗盘方位标。馆内有一幅浮雕，刻有葡萄牙航海家到达的情形；还有数幅不朽作家的油画，此外，还放置了多件由博物馆船舶模型工场按比例精心制作的模型船。一些展柜更备有视听装置，其中部分更可让游客亲自参与。博物馆内附设一个小型商店，售卖博物馆出版的刊物、地图、陶瓷、航海设备、砌图、T恤以及其他一些物品能使您回忆起这个有趣而难忘的博物馆。此外，博物馆还设置一部电脑城市指南，为外地游客提供一些最新及最感兴趣的资料。