二次大战中，大厦遭到严重毁坏。1945年4月30日，苏联红军把红旗插上国会大厦的屋顶，宣布了反法西斯战争的胜利。1961至1971年间，大厦按保罗·鲍姆加藤的设计方案重建。重建的国会大厦对建筑进行了简化，省去了1945年被炸掉的大厦圆顶部分。这座曾位于柏林墙边界上的大厦内曾办有“德国历史问答”展览。目前，该展览迁至德国大教堂中。东西德合并之后，德国联邦议会决定重新迁入国会大厦。1990年10月3日德国人民在国会大厦前庆祝了国家的重新统一，同年12月20日，第一届全德联邦议会确定柏林为统一德国的首都，国会大厦则被定为德国联邦议院所在地。1994年至1999年，诺曼·弗斯特爵士以大厦最初的规模为蓝本设计，对国会大厦进行了重新修建，建成为一座现代化的议会办公大楼，新建的穹形圆顶供人游览。1994年修复工程开始之前，国会大厦曾成为全欧洲最引人注目的艺术品：Christo 和Jeanne Claude 包裹国会大厦。德国联邦议院于1998年底迁入国会大厦，1999年在此选举下一任联邦总统。现在，曾让人争议一时的穹形圆顶已成为柏林城的新标志。