长崎历史文化博物馆，是日本少有的几个将主题定为“海外交流”的博物馆之一。该博物馆拥有48000件收藏，包括有历史文献、艺术品、手工艺品等，它是日本当时闭关锁国时期唯一一个向外国展示长崎的窗口。
博物馆的展览区由三个主要区域组成。历史时间和文化区中主要展示的是过去日本与中国（旅游网）、韩国、葡萄牙、荷兰和西班牙等国家进行多领域交流的文献，是一个交互式展区。第二个展区便是长崎地方官员办公室，该展区是立山政府地方官员办公室重建的一部分，游客可以在这里了解一些曾经那个时期法庭审判时的历史文化常识。最后一个区域是project exhibits，这里的展品主要是来自长崎地方官员办公室的犯罪记录。
在永久展览的文物中，比较引人注意的是“nanban”（葡萄牙和西班牙文化），以及天主教的介绍。游客还可以在这里看到关于日本早期现代医学、印刷、造船和工业工艺的展览。
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